La respuesta a la solicitud se concretó el 22 de marzo de 1859, cuando dos sacerdotes y un hermano coadjutor – los padres Teodoro Schwerter y Bemardo Enbergt, junto con el hermano Schörer - arribaron a las playas del poblado de Melipulli, tras un difícil viaje por el Canal de Chacao donde, además de perder todos sus enseres, arriesgaron sus propias vidas.
Como primera medida la delegación de jesuitas abrió en la localidad una escuela primaria para los hijos de los colonos, que recibió el nombre de "San José". En este establecimiento la enseñanza era bastante limitada y se orientaba principalmente a clases de catequesis.
Cabe recordar que en ese período y hasta aproximadamente 1882, la principal labor de los jesuitas se centró en la actividad misionera, desarrollada en la ciudad de Puerto Montt y los alrededores de la Laguna de Llanquihue.
En el año 1862 la Orden Jesuita se hizo cargo de la atención de las parroquias de la ciudad de Puerto Montt, actividad que se mantuvo con intervalos hasta la década de los ochenta, en pleno siglo XX. Esta situación generó la necesidad de edificar una Iglesia para atender a la población. Así, en 1871 se bendijo la primera piedra del templo, que fue inaugurado en la Navidad del año siguiente.
Fuera de la ciudad, los jesuitas reiniciaron las misiones circulares, importantes para el fortalecimiento de la fe en las zonas colonizadas, pero de difícil acceso. Las primeras misiones abarcaron desde Valdivia hasta Chiloé, aunque con el tiempo se concentraron en la provincia, desde los alrededores de la Laguna de Llanquihue hasta Chiloé. Especial mención merecen Puerto Octay y Puerto Varas, localidad en que los jesuitas asumieron la actividad parroquial como también la creación del actual Colegio Germania, que luego de algunas diferencias de criterios decidieron entregar a una fundación privada y al Arzobispado. En tanto en Puerto Octay, la actividad parroquial nuevamente fue el centro del trabajo hasta que entregaron la parroquia durante el transcurso de este siglo.
La actividad de la Congregación en Chiloé se enfocó primero en las misiones para luego asumir el trabajo del Seminario Conciliar de la ciudad de Ancud. Sin embargo, una vez más, la falta de personal los obligó a entregarlo.
Pese a todas las dificultades por las que atravesaron los jesuitas en la zona, la escuela San José mantuvo abiertas sus puertas a la comunidad y, hacia 1882, instalada en la calle Guillermo Gallardo, pasó a llamarse San Francisco Javier. La apertura del establecimiento marca el inicio de la larga historia de tradición del Colegio San Francisco Javier en la ciudad de Puerto Montt.
Construcción de la torre del campanario e instalación de las campanas y puesta en marcha del reloj. El 7 de octubre de 1997 se publicó en el Diario Oficial el Decreto No 957, de fecha 25 de septiembre de ese mismo año, que declara a este campanario Monumento Nacional.
1917 / 1930
Funcionamiento de un curso de comercio, que implicó la formación de un gran número de contadores.
1944
El Colegio adquiere la Isla de Chinquío para retiros y jornadas.
1949
Se inaugura el edificio del internado, que hoy es ocupado por la administración, biblioteca y salas diversas. En este año egresa la primera generación de alumnos de Sexto Año de Humanidades.
1952 / 1954
Se construye el Gimnasio del Colegio.
1982
Se inaugura el pabellón de Enseñanza Media.
1984 / 1985
Tras un incendió que afectó la Casa de Chinquío, en octubre de 1985 se inaugura la actual instalación.
1994 / 1998
Se construyen los camarines, las nuevas dependencias de administración, sala de profesores, sala de computación, laboratorio de inglés y el nuevo gimnasio.
2000 / 2002
Se construyen salas de inglés y además se habilitan las instalaciones de Pre-Kinder y de profesores de Enseñanza Media. Asimismo se realizan reparaciones en el pavimento de la Rectoría; se habilitan las nuevas oficinas, sala de proyecciones y hall de ingreso en pabellón de Enseñanza Media.
2003 / 2004
Culmina la construcción de la Capilla básica, se renuevan los equipos de la sala de computación y termina la implementación informática en las bibliotecas.
2006 / 2009
Se compra el terreno en Pelluco Alto para la nuevo ubicación del colegio proyecta para el 2011, y se desarrollan arduos trabajos de ingeniería y arquitectura
En este largo caminar por casi siglo y medio, muchos han sido los jesuitas, profesores, administrativos y auxiliares, hombres y mujeres, que han sido cobijados por este viejo cascarón de madera. Todos han ido construyendo paso a paso la historia sanjavierina, entregando parte importante de sus vidas para tratar de hacer realidad el sueño de San Ignacio de Loyola.
